RNA-seq：对原核生物（细菌，蓝藻等）在某一功能状态下产生的RNA进行高通量测序。全面快速地获取特定微生物在特定状态下的所有转录本的信息。通过转录组测序不仅能够对mRNA进行表达定量分析，分析差异表达基因及其相应功能，同时还能够分析sRNAs，揭示微生物不同表型形成的分子调控机制和功能。
PS:原核有参转录组需要提供参考基因组文件（.fa）、注释文件(.gtf/.gff)、原核生物必须有参考基因组，如果没有可做细菌完成图。