全转录组测序能够获得特定组织或细胞在特定状态下的转录本总和，包括mRNA和非编码RNA(ncRNA)。其中，目前研究比较热门的ncRNA包括miRNA、lncRNA和circRNA。以miRNA为中心，构建具有相互调控作用的MRE元件(MiRNA Response Element)，形成ceRNA(mRNA-miRNA-lncRNA-circRNA)调控网络，从而揭示样本中转录调控的生物学机制。