宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制，只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。根据高通量测序平台的不同，可分为宏基因组（二代）和宏基因组（三代）。
宏基因组（二代）：是指采用第二代高通量测序技术，对样品中微生物群落的DNA做全面测序，经过组装、基因预测、基因功能注释等分析，挖掘样品中物种组成、基因功能、代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。
宏基因组（三代）：是指采用第三代高通量测序技术，对样品中微生物群落的DNA做全面测序。由于三代测序技术的发展，其在保持长读长的同时也兼顾了准确度，可以减少部分拼接错误，轻松获得高质量的序列信息，提高基因组组装注释的准确性和微生物群落鉴定的分辨率。