宏转录组学通过对生态环境中所有微生物的转录本进行高通量测序，从整体水平上研究某一特定环境、特定时期菌群群体全部基因转录情况以及转录调控规律，以揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的相互作用机理的组学技术；这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点，可以检测环境中的活性微生物，对活性转录本以及活性功能进行研究，还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径。
PS:
可以从转录水平鉴定微生物群落，研究群落特征；
鉴定目标病原体；
挖掘活性微生物及功能；
关注关键基因，探索基因功能与代谢途径