转录组广义上指特定细胞在某一功能状态下的所有转录产物，包括mRNA 和非编码RNA（ncRNA）。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，目前已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发、动植物育种等各个领域。
转录组测序特指对具有编码蛋白质功能的信使RNA（mRNA）进行序列测定及分析，以获得转录本信息，发现和鉴定新基因等。根据研究物种是否具有参考基因组以及注释信息。
真核有参转录组主要研究的物种需要具注释完整的参考基因组信息，并对样本中mRNA的表达量以及组间差异mRNA进行分析。
真核无参转录组适用于无参考基因组的真核生物或基因组组装注释质量不高的真核生物。前期需要对物种组织中所有表达的mRNA及转录本采用Trinity等软件进行de novo组装，产生长度最长的转录本并标记为Unigene，在Unigene的基础上使用Salmon等软件进行定量计算。