微生物多样性测序（又称扩增子测序）是利用高通量测序技术对16S rRNA/18S rRNA/ITS/功能基因等特定区段的PCR产物进行测序，获得环境、人体等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境、宿主的相关性等信息。
l16S rDNA是原核生物基因组中编码核糖体16S rRNA分子的对应的DNA序列，包括保守区和高变区。通过对高变区的对比可以区分出不同的物种，计算它们之间的差异程度。16S rRNA高变区一般有9个区域，每个区域都能够在一定的程度上反映物种之间的差别，但是反映的程度不一。可以针对某一个或者两个连续的高变区进行测序，比对数据库进行物种甄别。
ITS的全称是internal transcribed spacer（内转录间隔区），在染色体上，它一般处于大小亚基核糖体RNA基因序列之间。在细菌和古菌中，ITS位于16S和23S rRNA基因序列间。在真核生物中，有两个ITS片段，分别为ITS1和ITS2。ITS1位于18S和5.8S rRNA基因间，而ITS2位于5.8S和25S（植物）或者28S（动物）rRNA基因间。真核生物中的ITS1跟细菌和古菌中的ITS是对应的。ITS2则起源于对其祖先23S rRNA基因序列的插入。
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