微生物多样性测序（又称扩增子测序），是指利用二代/三代测序平台，对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段的 PCR 产物进行高通量测序，突破传统方法不可培养微生物的缺点，获得土壤、水体等环境，以及人体、动物等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与宿主的相关性等信息。
三代微生物多样性是基于 PacBio 测序平台，利用单分子实时测序（SMRT Cell）的方法对 marker 基因全长序列进行测序，之后通过对 CCS（Circular Consensus Sequencing）序列过滤，得到 Optimization-CCS 进行聚类（OTU）或去噪（ASV），并进行物种注释及丰度分析，可以揭示样品的物种构成； 进一步进行α多样性分析（Alpha Diversity）、β多样性分析（Beta Diversity）和显著物种差异分析等等，可以挖掘样品之间的差异。
能达到"种"水平物种鉴定，获得更精细微生物群落结构