DNA甲基化芯片的检测原理是基于亚硫酸盐处理后的DNA序列杂交信号，亚硫酸盐处理将未甲基化的胞嘧啶C变成尿嘧啶U，再将尿嘧啶U转化为胸腺嘧啶T，而甲基化的胞嘧啶C保持不变。
对人类来说，目前主流的DNA甲基化芯片有illumina研发的450K和850K两种，它们有两种类型的探针：I型探针（Infinite I)和II型探针 (Infinite II)