空间代谢组学整合了质谱成像技术（MSI）和代谢组学技术，可实现对生物学样本的代谢物定性、定量和空间分布的检测。其利用离子源扫描生物样本成像，通过将样本表面划分为一个虚拟的像素网络，结合质谱仪对每一个像素点内的代谢物进行检测，通过成像软件对代谢物进行分析。实现了无需对样本进行同位素标记或染色等前处理，即可同时对多种物质进行高通量成像分析。突破了传统代谢物组学研究损失空间信息的瓶颈，为传统代谢物组学分析提供了全新的可视化视角。