生物体中许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相关丰度控制，还会被各种时空特异分布、可逆的翻译后修饰调控，因此揭示翻译后修饰的发生规律是解析蛋白质复杂多样的生物功能的一个重要前提。 由于蛋白质发生修饰后其分子质量会发生相应的改变，同时质谱能够精确测定蛋白质或多肽分子质量，根据这一特性，将质谱应用于蛋白质翻译后修饰的鉴定。但由于翻译后修饰的蛋白质在样本中含量低且动态范围广，检测前首先需要对修饰蛋白质或肽段进行富集，然后才能进行质谱鉴定。常见的蛋白质翻译后修饰过程有泛素化、磷酸化、乙酰化等